A medida que Falun Gong se hace más popular, aparecen los primeros signos de opresión del estado. Poco después de convertirse en bestsellers, los libros de Falun Gong son prohibidos para su publicación por una orden interna del 24 de julio de la Oficina de Publicaciones de Noticias de China, una entidad dependiente del Ministerio de Propaganda. El documento acusa a Falun Gong de "difundir la superstición". El primer gran artículo de los medios estatales que critica a Falun Gong aparece en el Diario Guangming el 17 de junio de 1996.

La Oficina de Seguridad Pública lleva a cabo una investigación sobre si Falun Gong debe ser considerado un "culto malvado", pero la investigación concluye que: “no hay evidencias”.

La Oficina No. 1 del Ministerio de Seguridad Pública emite el documento No. 555, titulado "Comunicado de la investigación de Falun Gong", afirmando que Falun Gong es un culto herético. El Ministerio comienza una serie de investigaciones, buscando alguna evidencia que apoye la conclusión. Los medios incluyen pinchar las líneas telefónicas, someter a vigilancia a los voluntarios, allanamientos de morada, confiscar pertenencias personales. Se producen varias formas de acoso (ilegal) a manos de la policía china, incluyendo la interrupción con cañones de agua de las sesiones públicas y abiertas de ejercicio matutino  y el cierre de ciertos sitios de práctica. En algunas zonas se saquean los hogares de los practicantes.

Después de recibir un aluvión de cartas expresando su preocupación, Qiao Shi, que acababa de terminar un mandato como Presidente del Comité Permanente del Congreso Nacional del Pueblo y servía en el Politburó, dirige su propia investigación, a la que se han unido otros altos miembros del Congreso, sobre las alegaciones del Documento 555. Después de meses de investigación, el grupo concluye que, "Falun Gong tiene cientos de beneficios para el pueblo y la nación china, y no causa daño alguno".

La Comisión Nacional de Deportes de China tambien lanza su propia investigación sobre Falun Gong. El jefe de la investigación, declaró el 20 de octubre que, "Estamos convencidos de que los ejercicios y efectos de Falun Gong son excelentes. Ha generado un valor extraordinario para mejorar la estabilidad y la ética de la sociedad. Esto debe ser debidamente afirmado.”

Un estudio realizado por la Comisión Estatal de Deportes de China estima que más de 70 millones de personas practican Falun Gong en China.

Los ataques a Falun Gong se intensifican en los medios de comunicación estatales, incluso cuando continúan los informes positivos, lo que sugiere las divisiones internas entre los líderes políticos de China. Los seguidores de Falun Gong responden a las críticas visitando, y a veces haciendo peticiones en el exterior de, los periódicos locales o las estaciones de televisión, solicitando mayor exactitud en los informes. Tales eventos tienen lugar en Beijing, Tianjin, Guangzhou y otras ciudades importantes.

Un funcionario de la Comisión Nacional de Deportes de China, hablando con US News & World Report, comparte que hasta 100 millones pueden haber adoptado la práctica. El funcionario destaca los costos que la práctica está ahorrando al sistema nacional de salud de China, declarando que "el Primer Ministro Zhu Rongji está muy feliz por eso".

He Zuoxiu, un prominente marxista-teísta, desprecia a Falun Gong y al qigong en general en una revista de la universidad de Tianjin. Los practicantes locales de Falun Gong se reúnen en Tianjin, pidiendo a la revista que se repare el daño hecho a su reputación.

Aunque la reunión es pacífica, el 23 y 24 de abril se envía a la policía antidisturbios, 45 practicantes son arrestados y algunos son golpeados. Cuando los practicantes piden a las autoridades de Tianjin que liberen a los arrestados, se les dice que las órdenes vinieron de Beijing; y por tanto si quieren hacer la petición, se les dice que deben ir a la capital.

Al día siguiente, el 25 de abril, más de 10.000 seguidores de Falun Gong de Beijing, de la cercana Tianjin, y de otras ciudades del entorno se reúnen frente a la Oficina de Peticiones del Consejo de Estado en Beijing. Esta oficina está ubicada justo al lado de Zhongnanhai, el complejo residencial de los líderes del partido comunista. Los peticionarios vienen a expresar su preocupación por los arrestos y abusos en Tianjin el día anterior, y piden que los arrestados en Tianjin sean liberados, que se levante la prohibición de publicar los libros de Falun Gong, y que puedan reanudar su práctica libremente sin la interferencia del gobierno.

La reunión fue completamente pacífica y ordenada, a pesar de las posteriores acusaciones del partido de que Falun Gong "se apoderó" de Zhongnanhai.

El entonces Primer Ministro Zhu Rongji se reúne con los representantes de Falun Gong en su oficina. Al final del día, los arrestados en Tianjin fueron liberados y la reunión se dispersó silenciosa y tranquilamente.

Sin embargo, en cuestión de horas, el entonces líder del partido comunista Jiang Zemin se opone a la posición de apaciguamiento de Zhu, y afirma que si no pueden derrotar a Falun Gong, el partido se convertirá en el "hazmerreír”.

Un artículo de la Associated Press afirma que Falun Gong de China tiene "más miembros que el Partido Comunista, al menos 70 millones, según la Administración Estatal de Deportes". Dos artículos del New York Times al día siguiente ponen el número de practicantes de Falun Gong en 70 millones, atribuyendo la cifra al gobierno chino. El artículo afirma que el grupo "incluso según estimaciones del gobierno chino tiene más miembros que el partido comunista".

La "Oficina 6-10" se establece a instancias del jefe del Partido Comunista Chino, Jiang Zemin. Está a cargo de planear, orquestar y llevar a cabo una completa supresión de Falun Gong. Jiang le otorga la autoridad sobre todos los niveles locales de la policía, el gobierno y los tribunales. La Oficina 6-10 se convirtió más tarde en la principal herramienta para arrestar, torturar y matar a los practicantes de Falun Gong.

El 20 de julio de 1999, Falun Gong es oficialmente prohibido por los mandatarios comunistas de China.

Desde la reunión del 25 de abril hasta mediados de julio, los practicantes en toda China informan que son seguidos e interrogados por oficiales de policía vestidos de civil, mientras el partido recoge listas de adherentes y hace los preparativos finales para la prohibición subsiguiente.

El 20 de julio de 1999, la policía de toda China comienza a arrestar a los adherentes que consideran personas clave y saquean sus casas. El 22 de julio de 1999, comienza un bombardeo de los medios de comunicación. Las radios, las pantallas de televisión y las columnas de los periódicos se llenan de ataques a Falun Gong. Camiones con altavoces recorren las calles de las ciudades y los campus universitarios, advirtiendo a la gente que la práctica de Falun Gong es ahora ilegal. Entre las estipulaciones de la prohibición, protestar por la prohibición también está prohibido (etiquetando a Falun Gong).

Se producen arrestos masivos junto con saqueos, secuestros y la confiscación de materiales relacionados con Falun Gong. En paralelo, una campaña de propaganda anti-Falun Gong se lanza en todo el pais.